1）定期檢查超溫安全裝置，以防超溫。方法為按進監測報警按扭，轉動固定螺絲，直到超溫報警裝置響，然后關閉超溫安全燈。
（2）所加入的水是蒸餾水或無離子水，防止礦物質儲積在水箱內產生腐蝕作用。每年換一次水。經常檢查箱內水是否夠。
（3）箱內應定期用消毒液擦洗消毒，擱板可取出清洗消毒，防止其它微生物污染，導致實驗失敗。
（4）如長期不使用二氧化碳時，應將CO2開關關閉，防止CO2調節器失靈。
（5）所使用的CO2的純凈的，否則降低CO2傳感器的靈敏度和污染CO2過濾裝置
（6）培養箱應由專人負責管理，操作盤上的任何開關和調節旋扭一旦固定后，不要隨意扭動，以免影響箱內溫度，CO2、濕度的波動，同時降低機器的靈敏度。
（7）在無濕度控制的培養箱內，為保持箱內CO2的穩定，要在箱內底層放入一個盛水的容器。另外還有一種三氣培養箱.該培養箱是在二氧化碳培養箱的基礎上進一步改進的新產品。其原理同其它培養箱一樣，特點在于不僅可加入CO2，還可加入氮氣和氧氣，并全部由電腦控制和調節各種不同氣體的含量。主要用于一些特殊微生物的繁殖和培養，一般應用不廣泛，目前只有國外的少數廠家生產。